აღმოსავლეთ ევროპის უნივერსიტეტის მისია არის:
ა) სწავლებისა და კვლევის განუყოფლობა და საერთაშორისო საგანმანათლებლო სტანდარტების დანერგვა;
ბ) დემოკრატიისა და ჰუმანიზმის იდეალებზე, ქართულ და მსოფლიო კულტურულ ღირებულებებზე ორიენტირებული საგანმანათლებლო გარემოს შექმნა სტუდენტებისა და აკადემიური საზოგადოებისთვის;
გ) სტუდენტთა დასაქმებასა და აკადემიური პერსონალის პროფესიულ განვითარებაზე ორიენტირებული სწავლება ცვალებადი საერთაშორისო შრომითი ბაზრის მოთხოვნების გათვალისწინებით.